Al retomar el liderazgo nacionalista, y ante la postura militar de resistir las primeras denuncias por violación de derechos humanos hasta el desacato (las primeras citaciones judiciales fueron retenidas por en entonces comandante en jefe del Ejército, general Hugo Medina), Ferreira inicialmente trató de impedir el proceso de amnistía a los militares, pero posteriormente impulsó a su partido a votar junto al Partido Colorado la Ley de Caducidad de la Pretensión Punitiva de Estado, en cuya redacción participaron algunos de sus colaboradores.
Luego de aprobada la Ley, Wilson Ferreira fue factor permanente de consulta de correligionarios y adversarios, tal cual admitió el entonces presidente Sanguinetti, y mantuvo una postura conciliadora.[9]
A mediados de 1987 su estado de salud se deteriora considerablemente. Ferreira es internado en un sanatorio de Montevideo a consecuencia de una afección pulmonar complicada por una gripe no tratada. Ante la gravedad de su estado, es trasladado a un centro asistencial en los Estados Unidos. Poco antes de partir, escribió su último editorial para el semanario La Democracia.
Falleció en Montevideo el 15 de marzo de 1988, víctima de cáncer. Su muerte provocó una enorme demostración popular y numerosos reconocimientos de todos los partidos políticos del Uruguay.
Fue enterrado con honores de Ministro de Estado en el Cementerio del Buceo; los aniversarios de la muerte de Wilson se convierten en ocasión de recuerdo y homenaje